A Paróquia de Nossa Senhora de Fátima foi criada em 27 de abril de 1987 por D. José da Costa. Teve limites paroquiais alterados a partir de 05 de maio de 1992, já no governo pastoral de D. Carlos Alberto Navarro devido à necessidade apresentada pela mesma paróquia.
A Paróquia faz limites com as seguintes Paróquias: São João Batista (Itaboraí), Nossa Senhora da Conceição (Porto das Caixas), São João Batista (Itaboraí) e São Francisco de Assis (Apollo II). Pertence essa Paróquia ao Vicariato Episcopal Rural da Arquidiocese de Niterói. A construção da Igreja de Nossa Senhora de Fátima de Manilha vem desde o tempo do Pe. Hugo. Até os tempos hodiernos, abnegadas pessoas militaram e militam nesta carente comunidade.
A sua história é bastante anterior ao ano de sua criação, que como dissemos, se dera em 1987.
Inicialmente, a Igreja de Manilha contou com o apostolado da Irmã Ângela Guedes (religiosa) e outras irmãs do Colégio Nossa Senhora das Mercês de Niterói.
As celebrações eram feitas em uma área existente entre o posto de gasolina e a Matriz. Aí foi benzida a pedra fundamental da futura capela no local onde hoje se encontra a Igreja Matriz.
Muitas dificuldades existiam para se obter o local. Todavia, tendo Pe. Domingos à frente, depois de se trabalhar, pedir e rezar muito, foi doada no ano de 1972, pelo estimado Francisco Nancy e sua esposa Virgínia Nancy a área onde se encontra o templo.
O terreno não era mais problema. Emergia, assim uma outra dificuldade: a verba para começar a construção. Através de D. José Gonçalves da Costa, o Pe. Domingos conseguiu auxílio na Alemanha para o início da obra, cujo projeto original sofreu inúmeras alterações.
Além do trabalho e orações de toda comunidade, algumas pessoas se destacaram à frente desta obra. A nossa memória nos trai sempre, por isso, antecipamos as desculpa em não citar nomes a fim de que não pequemos por injustiça.
Após a criação da Paróquia em 1987, exerceram seu pastoreio os seguintes sacerdotes:
- Pe. Ataliba Staut
- Pe. Domingos Gonçalves das Eiras
- Pe. José Carlos de Souza Reis
- Pe. Miguel Fernandes Moura
- Pe. José Marcelo Martins Gomes
- Pe. Júlio César Rocha dos Santos (sendo seu Vigário Paroquial o Pe. Sebastião Reis Filho)
- Pe. Paulo César Câmara
- Pe. Cláudio de Almeida Lima
- Pe. Cosme Damião Navarro Neves (2010-2015), e seu(s) vigário(s):
- Pe. Angelo de Azevedo Souza (2013-2014)
- Pe. Ricardo Mota (2014)
- Pe. Sergio Luis da Silva Soares (2015-2021), e seu(s) vigário(s):
- Pe. Ângelo José de Carvalho Silva (2017)
- Pe. Fabiano da Silva Santos (2018)
- Pe. Carlos Alberto Mesquita de Andrade (2021-Atual), e seu(s) vigário(s):
- Pe. Gabriel dos Santos Ramalho (2023-Atual)